AT1G06760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : winged-helix DNA-binding transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
winged-helix DNA-binding transcription factor family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Histone H5 (InterPro:IPR005819), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: winged-helix DNA-binding transcription factor family protein (TAIR:AT2G30620.1); Has 20265 Blast hits to 10904 proteins in 1494 species: Archae - 37; Bacteria - 8386; Metazoa - 4718; Fungi - 1128; Plants - 980; Viruses - 120; Other Eukaryotes - 4896 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2076687..2077616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28948.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 274 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSEVEIENAA TIEGNTAADA PVTDAAVEKK PAAKGRKTKN VKEVKEKKTV AAAPKKRTVS SHPTYEEMIK DAIVTLKERT GSSQYAIQKF IEEKRKELPP 101: TFRKLLLLNL KRLVASGKLV KVKASFKLPS ASAKASSPKA AAEKSAPAKK KPATVAVTKA KRKVAAASKA KKTIAVKPKT AAAKKVTAKA KAKPVPRATA 201: AATKRKAVDA KPKAKARPAK AAKTAKVTSP AKKAVAATKK VATVATKKKT PVKKVVKPKT VKSPAKRASS RVKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)