AT1G74380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan xylosyltransferase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan xylosyltransferase 5 (XXT5); FUNCTIONS IN: xyloglucan 6-xylosyltransferase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups, transferase activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, root hair elongation; LOCATED IN: Golgi apparatus, Golgi membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Galactosyl transferase (InterPro:IPR008630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactosyl transferase GMA12/MNN10 family protein (TAIR:AT5G07720.1); Has 459 Blast hits to 457 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 150; Plants - 280; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27959848..27961221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51731.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 457 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGQDGSPAHK RPSGSGGGLP TTTLTNGGGR GGRGGLLPRG RQMQKTFNNI KITILCGFVT ILVLRGTIGV GNLGSSSADA VNQNIIEETN RILAEIRSDS 101: DPTDLDEPQE GDMNPNATYV LGPKITDWDS QRKVWLNQNP EFPSTVNGKA RILLLTGSPP KPCDNPIGDH YLLKSVKNKI DYCRLHGIEI VYNMAHLDKE 201: LAGYWAKLPM IRRLMLSHPE VEWIWWMDSD ALFTDILFQI PLARYQKHNL VIHGYPDLLF DQKSWIALNT GSFLLRNCQW SLDLLDAWAP MGPKGPIRDE 301: AGKVLTAYLK GRPAFEADDQ SALIYLLLSQ KDTWMEKVFV ENQYYLHGFW EGLVDRYEEM IEKYHPGLGD ERWPFVTHFV GCKPCGSYAD YAVERCLKSM 401: ERAFNFADNQ VLKLYGFSHR GLLSPKIKRI RNETVSPLEF VDKFDIRRTP VETKPQN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)