AT1G36390.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Co-chaperone GrpE family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Co-chaperone GrpE family protein; FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: protein folding, protein import into mitochondrial matrix; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GrpE nucleotide exchange factor (InterPro:IPR000740), GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil (InterPro:IPR013805), GrpE nucleotide exchange factor, head (InterPro:IPR009012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Co-chaperone GrpE family protein (TAIR:AT5G17710.2); Has 7907 Blast hits to 7907 proteins in 2666 species: Archae - 104; Bacteria - 5138; Metazoa - 133; Fungi - 118; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2271 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:13701811..13703524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31224.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISFAIDPS ISPCFSFSSP SSSSKTLPLR NNLHFHGRPS PISPLISKPS RKFPIFSAHQ TNNSEEANSK QQADVKTLIR SYKQALLNGD ETSVTEIETM 101: FCKIEKEKNK MDQKVLSLSM KIASEKEMKI RLQADFDNTR KKLDKDRLST ESNAKVQILK SLLPIIDSFE KAKLQVRVDT DKEKKIDTSY QGIYRQFVEV 201: LRYLRVSVIA TVGKPFDPLL HEAISREESE AVKAGIITEE LNKGFVLGDR VLRPAKVKVS LGPVNKKTPS AAEEITPSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)