AT2G25830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : YebC-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
YebC-related; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF28 (InterPro:IPR002876), Integrase, N-terminal zinc-binding domain-like (InterPro:IPR017856); Has 8692 Blast hits to 8692 proteins in 2830 species: Archae - 0; Bacteria - 6166; Metazoa - 76; Fungi - 120; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2283 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11019091..11021665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36816.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 331 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASHCSMRVI LLRFSNGVSS RSILNSTNHR LLSLTMTNTL SSLSSISPHT TTSHFTAASQ QSDDQNCFRK LQLRKISIST PLCMGRRSSK IAGRKGAQDS 101: KKAKLYCRIG KEVVSAVKKG GPNPVSNTTL ATILDKAKEL DVPKDIVERN IKRASEKGQE AFIEKIYEVY GYGGVSMVVE VLTDKINRSV AAIRSVVKDY 201: GGKMADSGSV MFKFKRVRVV NIKVTEADKD QLLIIALDAG AEDVIEPPTY EDDTDEDREE RYYKIVTSNE NYSTILSKLR DEGVNFEPDN GSELLPLTTV 301: EVDDEAMELN KELMQKLLEL DDVDAVYIDQ K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)