AT5G66055.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ankyrin repeat protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A locus involved in embryogenesis. Mutations in this locus result in embryo lethality. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ankyrin repeat protein (AKRP); INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ankyrin repeat family protein (TAIR:AT5G40160.1); Has 83523 Blast hits to 28077 proteins in 1268 species: Archae - 145; Bacteria - 7202; Metazoa - 43238; Fungi - 6726; Plants - 3393; Viruses - 1185; Other Eukaryotes - 21634 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26417425..26419234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48880.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQSLSTPHTI SLLLPRTSPS RLSPSLHSLA FPTRLRSLSY SSQTSILPDA GDDFIVGDCL VYEDGVFEDP YLDKEVTQVA KQERKKNRRG GAKRLDESEI 101: EPENLVPEEW RDIQAEVNLT KKDKRKIAQE MEFGVRVEKK RQGLIPLRKV DLNDFLTYKE AKLAQLRPVI LDKPGNFSDD SGASSDGETA VSSPSERVAP 201: KNPRWAVYGK GFDHVAKFFN SDKYDPSDKK SDGPRKLLSK EEKFMLNSRN PDLAVATSKK WLPLHTLAAC GEFYLVDSLL KHNLDINATD VGGLTVLHRA 301: IIGKKQAITN YLLRESANPF VLDDEGATLM HYAVQTASAP TIKLLLLYNA DINAQDRDGW TPLHVAVQAR RSDIVKLLLI KGADIEVKNK DGLTPLGLCL 401: YLGREIRTYE VMKLLKEFPL SRHKKRLVTT DEDIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)