AT5G65260.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT5G10350.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26080501..26082984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25251.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEEEHEVYG GEIPDVGEMD GDMEALNPDL DMAAADDDAV KELDEMKKRL KEMEDEAAAL REMQAKVEKE MGAQDPASIA ANQAGKEEVD ARSVFVGNVD 101: YACTPEEVQQ HFQTCGTVHR VTILTDKFGQ PKGFAYVEFV EVEAVQEALQ LNESELHGRQ LKVLQKRTNV PGLKQFRGRR FNPYMGYRFR RPFMSPYMYS 201: PYGYGKAPRF RRPMRYMPYQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)