AT5G64900.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : precursor of peptide 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative 92-aa protein that is the precursor of AtPep1, a 23-aa peptide which activates transcription of the defensive gene defensin (PDF1.2) and activates the synthesis of H2O2, both being components of the innate immune response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
precursor of peptide 1 (PROPEP1); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: elicitor peptide 2 precursor (TAIR:AT5G64890.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25937253..25937939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 10389.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 92 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MEKSDRRSEE SHLWIPLQCL DQTLRAILKC LGLFHQDSPT TSSPGTSKQP KEEKEDVTME KEEVVVTSRA TKVKAKQRGK EKVSSGRPGQ HN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)