AT5G61410.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana ribulose-5-phosphate-3-epimerase mRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (RPE); FUNCTIONS IN: ribulose-phosphate 3-epimerase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: response to cold, carbohydrate metabolic process, response to nematode, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Ribulose-phosphate 3-epimerase (InterPro:IPR000056), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase-type TIM barrel family protein (TAIR:AT3G01850.2); Has 9137 Blast hits to 9136 proteins in 2615 species: Archae - 52; Bacteria - 5574; Metazoa - 174; Fungi - 138; Plants - 190; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3009 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24684085..24685836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 30010.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 281 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTSAASLCC SSTQVNGFGL RPERSLLYQP TSFSFSRRRT HGIVKASSRV DRFSKSDIIV SPSILSANFA KLGEQVKAVE LAGCDWIHVD VMDGRFVPNI 101: TIGPLVVDAL RPVTDLPLDV HLMIVEPEQR VPDFIKAGAD IVSVHCEQQS TIHLHRTVNQ IKSLGAKAGV VLNPGTPLSA IEYVLDMVDL VLIMSVNPGF 201: GGQSFIESQV KKISDLRKMC AEKGVNPWIE VDGGVTPANA YKVIEAGANA LVAGSAVFGA KDYAEAIKGI KASKRPAAVA V |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)