AT1G60950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a major leaf ferredoxin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FED A; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, iron-sulfur cluster binding, 2 iron, 2 sulfur cluster binding; INVOLVED IN: photosynthetic electron transport chain, response to light stimulus; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR006058), Ferredoxin (InterPro:IPR001041), Ferredoxin [2Fe-2S], plant (InterPro:IPR010241), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ferredoxin 1 (TAIR:AT1G10960.1); Has 7652 Blast hits to 7650 proteins in 1365 species: Archae - 135; Bacteria - 5670; Metazoa - 7; Fungi - 12; Plants - 625; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1198 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22444565..22445011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15540.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 148 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTALSSAI VGTSFIRRSP APISLRSLPS ANTQSLFGLK SGTARGGRVT AMATYKVKFI TPEGELEVEC DDDVYVLDAA EEAGIDLPYS CRAGSCSSCA 101: GKVVSGSVDQ SDQSFLDDEQ IGEGFVLTCA AYPTSDVTIE THKEEDIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)