AT5G56150.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.820 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-conjugating enzyme 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-conjugating enzyme 30 (UBC30); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-conjugating enzyme 28 (TAIR:AT1G64230.2); Has 10484 Blast hits to 10454 proteins in 401 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 4516; Fungi - 2304; Plants - 1930; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 1704 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22729756..22730964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 16480.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 148 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASKRINKEL RDLQRDPPVS CSAGPTGDDM FQWQATIMGP ADSPFAGGVF LVTIHFPPDY PFKPPKVAFR TKVYHPNINS NGSICLDILK EQWSPALTVS 101: KVLLSICSLL TDPNPDDPLV PEIAHIYKTD RVKYESTAQS WTQKYAMG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)