AT5G47450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast intrinsic protein 2;3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Tonoplast intrinsic protein, transports ammonium (NH3) and methylammonium across the tonoplast membrane, gene expression shows diurnal regulation and is upregulated by ammonium (NH3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tonoplast intrinsic protein 2;3 (TIP2;3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tonoplast intrinsic protein 2;2 (TAIR:AT4G17340.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19248509..19249466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25247.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 1.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKIEVGSVG DSFSVSSLKA YLSEFIATLL FVFAGVGSAV AFAKLTSDGA LDPAGLVAIA IAHAFALFVG VSIAANISGG HLNPAVTLGL AIGGNITLIT 101: GFFYWIAQCL GSIVACLLLV FVTNGKSVPT HGVSAGLGAV EGVVMEIVVT FALVYTVYAT AADPKKGSLG TIAPIAIGFI VGANILAAGP FSGGSMNPAR 201: SFGPAVVSGD LSQIWIYWVG PLVGGALAGL IYGDVFIGSY EAVETREIRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)