AT5G40850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : urophorphyrin methylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a urophorphyrin III methylase that catalyzes S-adenosyl-L-methionine-dependent transmethylation in a multistep process involving the formation of a covalently linked complex with S-adenosyl-L-methionine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
urophorphyrin methylase 1 (UPM1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetrapyrrole methylase (InterPro:IPR000878), Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 (InterPro:IPR014777), Uroporphyrin-III C-methyltransferase, plant (InterPro:IPR012383), Uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal (InterPro:IPR006366), Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 (InterPro:IPR014776), Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site (InterPro:IPR003043); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16367205..16368724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39932.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 369 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALVQRIPIS SSSIRNWQQA RTNLTPICCL HYNTASSSSS PFTEKHSVER YQRDQWLYKA VEPTPPSTPS PSPFEDEVFV RENDIASQLP ELKKLLAVLK 101: EKRVKGCKGG DCGPGDVYLV GTGPGDPELL TLKAVRVIQS ADLLLYDRLV SNDVLELVAP DARLLYVGKT AGYHSRTQEE IHELLLNFAE AGATVVRLKG 201: GDPLVFGRGG EEMDFLQQQG IRVQVIPGIT AASGIAAELG IPLTHRGVAT SVRFLTGHSR KGGTDPLFVA ENAADPDTTL VVYMGLGTLP SLAQKLMDHG 301: LPSDTPAVAV ERGTTPLQRT VFAELKDFAT EIQSAGLVSP TLIIIGKVVE LSPLWPHCTK ESSCLVETR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)