AT4G05390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : root FNR 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a root-type ferredoxin:NADP(H) oxidoreductase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
root FNR 1 (RFNR1); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, copper ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: chloroplast, thylakoid membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferredoxin reductase-type FAD-binding domain (InterPro:IPR017927), Oxidoreductase, FAD-binding domain (InterPro:IPR008333), Ferredoxin--NADP reductase (InterPro:IPR012146), Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding (InterPro:IPR001433), Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938), Ferredoxin Reductase (InterPro:IPR015701), Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase (InterPro:IPR001709); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: root FNR 2 (TAIR:AT1G30510.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:2738839..2740483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42398.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSTTPSQM SVALPTRIDG SSRSMIKVQS ISFTDKSWGP PLLRLDSKSR SLGVKKRSTI CMSLQQSSKS KVLVTPLELE DPKETPLNLF RPKEPYTATI 101: VSVERIVGPQ APGETCHIVI DHDGNVPYWE GQSYGVIPPG ENPKKPGAPH NVRLYSIAST RYGDSFDGKT ASLCVRRAIY YDPETGKEDP SKAGVCSNFL 201: CNAKPGDKVK ITGPSGKVML LPEDDPKATH IMIATGTGVA PYRGYLRRMF MENVPNFKFD GLAWLFLGVA NSDSLLYDEE FAGYRKDYPE NFRYDKALSR 301: EEKNKKGGKM YVQDKIEEYS DEIFKLLDNG AHIYFCGLKG MMPGIQDTLK RVAEERGESW EQKLTQLRKN KQWHVEVY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)