AT5G35530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S3 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: response to salt stress, translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, nucleolus, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, prokaryotic type (InterPro:IPR009019), K Homology, type 2 (InterPro:IPR004044), K Homology (InterPro:IPR004087), Ribosomal protein S3, C-terminal (InterPro:IPR001351), Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005703); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S3 family protein (TAIR:AT2G31610.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13710355..13712192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27459.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 248 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATQISKKRK FVADGVFYAE LNEVLTRELA EDGYSGVEVR VTPMRTEIII RATRTQNVLG EKGRRIRELT SLVQKRFKFP QDSVELYAEK VANRGLCAIA 101: QAESLRYKLL GGLAVRRACY GVLRFVMESG AKGCEVIVSG KLRAARAKSM KFKDGYMVSS GQPTKEYIDA AVRHVLLRQG VLGLKVKIML DWDPKGKQGP 201: MTPLPDVVII HTPKEDDVYI APAQVVTQAA FVPEAPLTTT DYPAMPVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)