AT5G23040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF3353) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Cell growth defect factor 1.Causes Bax mediated lethality in yeast by generating reactive oxygen species and this effect is suppressed by AtBI-1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CELL GROWTH DEFECT FACTOR 1 (CDF1); INVOLVED IN: cell death; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: shoot, flower, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3353 (InterPro:IPR021788); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF3353) (TAIR:AT3G51140.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7729465..7730930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28817.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 258 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSLLLSGS TVSSSFIAPS KPSLVRNSSK TSLLPFRNVS RSFKTVKCTV DSSYGGNVPT FPRTRVWDPY KRLGVSPYAS EEEIWASRNF LLQQYAGHER 101: SEESIEGAFE KLLMSSFIRR KKTKINLKSK LKKKVEESPP WLKALLDFVE MPPMDTIFRR LFLFAFMGGW SIMNSAEGGP AFQVAVSLAA CVYFLNEKTK 201: SLGRACLIGI GALVAGWFCG SLIIPMIPTF LIQPTWTLEL LTSLVAYVFL FLSCTFLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)