AT5G23010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methylthioalkylmalate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a methylthioalkylmalate synthase, catalyzes the condensation reactions of the first two rounds of methionine chain elongation in the biosynthesis of methionine-derived glucosinolates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methylthioalkylmalate synthase 1 (MAM1); FUNCTIONS IN: 2-(2'-methylthio)ethylmalate synthase activity; INVOLVED IN: glucosinolate biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site (InterPro:IPR002034), Pyruvate carboxyltransferase (InterPro:IPR000891); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-isopropylmalate synthase 2 (TAIR:AT5G23020.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7703173..7706769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55128.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 506 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSLLTSSV MIPTTGSTVV GRSVLPFQSS LHSLRLTHSY KNPALFISCC SSVSKNAATS STDLKPVVER WPEYIPNKLP DGNYVRVFDT TLRDGEQSPG 101: GSLTPPQKLE IARQLAKLRV DIMEVGFPGS SEEELETIKT IAKTVGNEVD EETGYVPVIC AIARCKHRDI EATWEALKYA KRPRILVFTS TSDIHMKYKL 201: KKTQEEVIEM AVSSIRFAKS LGFNDIQFGC EDGGRSDKDF LCKILGEAIK AGVTVVTIGD TVGINMPHEY GELVTYLKAN TPGIDDVVVA VHCHNDLGLA 301: TANSIAGIRA GARQVEVTIN GIGERSGNAS LEEVVMALKC RGAYVINGVY TKIDTRQIMA TSKMVQEYTG LYVQAHKPIV GANCFVHESG IHQDGILKNR 401: STYEILSPED IGIVKSQNSG LVLGKLSGRH AVKDRLKELG YELDDEKLNA VFSLFRDLTK NKKRITDADL KALVTSSDEI SLEKLNGANG LKSNGYIPVP 501: QVSSNV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)