AT5G19350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT1G11650.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6518978..6521295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46599.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 425 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMMHPPQPP QGSYHHPQTL EEVRTLWIGD LQYWVDENYL TSCFSQTGEL VSVKVIRNKI TGQPEGYGFI EFISHAAAER TLQTYNGTQM PGTELTFRLN 101: WASFGSGQKV DAGPDHSIFV GDLAPDVTDY LLQETFRVHY SSVRGAKVVT DPSTGRSKGY GFVKFAEESE RNRAMAEMNG LYCSTRPMRI SAATPKKNVG 201: VQQQYVTKAV YPVTVPSAVA APVQAYVAPP ESDVTCTTIS VANLDQNVTE EELKKAFSQL GEVIYVKIPA TKGYGYVQFK TRPSAEEAVQ RMQGQVIGQQ 301: AVRISWSKNP GQDGWVTQAD PNQWNGYYGY GQGYDAYAYG ATQDPSVYAY GGYGYPQYPQ QGEGTQDISN SAAGGVAGAE QELYDPLATP DVDKLNAAYL 401: SVHASAILGR PMWQRTSSLT SQLGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)