AT5G17240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain group 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SET domain group 40 (SDG40); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SET domain-containing protein (TAIR:AT3G55080.1); Has 770 Blast hits to 763 proteins in 162 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 214; Fungi - 160; Plants - 288; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 108 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5666854..5668849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55875.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 491 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLEHQTMET FLRWAAEIGI SDSIDSSRFR DSCLGHSLSV SDFPDAGGRG LGAARELKKG ELVLKVPRKA LMTTESIIAK DLKLSDAVNL HNSLSSTQIL 101: SVCLLYEMSK EKKSFWYPYL FHIPRDYDLL ATFGNFEKQA LQVEDAVWAT EKATAKCQSE WKEAGSLMKE LELKPKFRSF QAWLWASATI SSRTLHVPWD 201: SAGCLCPVGD LFNYDAPGDY SNTPQGPESA NNVEEAGLVV ETHSERLTDG GFEEDVNAYC LYARRNYQLG EQVLLCYGTY TNLELLEHYG FMLEENSNDK 301: VFIPLETSLF SLASSWPKDS LYIHQDGKLS FALISTLRLW LIPQSQRDKS VMRLVYAGSQ ISVKNEILVM KWMSEKCGSV LRDLPTSVTE DTVLLHNIDK 401: LQDPELRLEQ KETEAFGSEV RAFLDANCLW DVTVLSGKPI EFSRKTSRML SKWRWSVQWR LSYKRTLADC ISYCNEKMNN LLGTQDRLRD L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)