AT5G16630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA repair protein Rad4 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAD4; FUNCTIONS IN: damaged DNA binding; INVOLVED IN: nucleotide-excision repair; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transglutaminase-like (InterPro:IPR002931), DNA repair protein Rad4, DNA-binding domain 1 (InterPro:IPR018326), DNA repair protein Rad4, DNA-binding domain 3 (InterPro:IPR018328), DNA repair protein Rad4, DNA-binding domain 2 (InterPro:IPR018327), DNA repair protein Rad4, transglutaminase-like domain (InterPro:IPR018325), DNA repair protein Rad4 (InterPro:IPR004583); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5455325..5459461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96289.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 865 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSRSESKNC RLAQASRVAV NKVLDKSSAR GSRGKKKQDD NCDSAKRDKG VNGKGKQALD ARLIDNVLED RGCGNVDDDE MNDSDWEDCP IPSLDSTVDD 101: NNVDDTRELT IEFDDDVPDA KKQKNAYRAT AEDKVRAELV HKVHLLCLLA RGRIVDSACN DPLIQAALLS LLPSYLTKVS NLEKVTVKDI APLLRWVREN 201: FSVSCSPSSE KSFRTSLAFA LESRKGTAEE LAALAVALLR ALKLTTRFVS ILDVASLKPG ADRNESSGQN RAKMKHGIFR TSTLMVPKQQ AISSYPKKSS 301: SHVKNKSPFE KPQLGNPLGS DQVQDNAVNS SCEAGMSIKS DGTRRKGDVE FERQIAMALS ATADNQQSSQ VNNTKKVREI TKISNSSSVS DQVISTAFGS 401: KKVDSPLCWL EVYCNGENMD GKWVHVDAVN GMIDAEQNIE AAAAACKTVL RYVVAFAAGG AKDVTRRYCT KWHTISSKRV SSVWWDMVLA PLVHLESGAT 501: HDEDIALRNF NGLNPVSSRA SSSSSSFGIR SALEDMELAT RALTESLPTN QQAYKSHEIY AIEKWLHKNQ ILHPKGPVLG FCSGHPVYPR TCVQTLKTKE 601: RWLRDGLQLK ANEVPSKILK RNSKFKKVKD FEDGDNNIKG GSSCMELYGK WQMEPLCLPP AVNGIVPKNE RGQVDVWSEK CLPPGTVHLR FPRIFAVAKR 701: FGIDYAPAMV GFEYRSGGAT PIFEGIVVCT EFKDTILEAY AEEQEKKEEE ERRRNEAQAA SRWYQLLSSI LTRERLKNRY ANNSNDVEAK SLEVNSETVV 801: KAKNVKAPEK QRVAKRGEKS RVRKSRNEDE SHEHVFLDEE ETFDEETSVK TKRCKCGFSV EVEQM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)