AT4G37130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hydroxyproline-rich glycoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; Has 29299 Blast hits to 11722 proteins in 694 species: Archae - 13; Bacteria - 1010; Metazoa - 7996; Fungi - 3634; Plants - 2592; Viruses - 347; Other Eukaryotes - 13707 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17489567..17491773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56544.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 513 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFFPPQQQQ TPQPLFQTQQ TSLFQPQQTN SIFSQSQPQQ TNSIFSQSQP QQTNSIFSQP QQQQQTSLFQ PQQFQQQQQQ LNQQQQQQVQ QQLYLFTNDK 101: APANYSTKWA DLHPDSQKLL LQIEEKILEH RSESQRLDQC SRLYDSSVSS EGFEFDASRI VQELGGINTA MDRQKAVLHE LMIVAKDMLR NAEIAVRSFM 201: MLQPRFPHWK QGGGVVSVGS QPSQGQGTNP APASSGQQQA VTTTVQVSDF YRGIPKKPTA FLLQTVVRFE KYLNECRQWV EELEQLLALD SDKYSRHASL 301: LESLPKVMSN VHDFFVHVAA KVESIHQYIE SMRTSYLADQ RRRGECHDPF LEADRRETAK QEAAAKRVHP TLHLPASTTS TQPSTQVAGL IASSATPGGS 401: NPPQTSVPTS NPSSGAGFSF LNTPASGPSS SLFATPSSTA PTSSLFGPSP TPTQTPLFGS SPASTFGSTQ SLFGQTTPSL TMPSQFGGAT PGSGASFGSM 501: TKSSRPKSRT TRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)