AT4G34960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type, conserved site (InterPro:IPR020892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclophilin 5 (TAIR:AT2G29960.1); Has 16085 Blast hits to 16059 proteins in 2650 species: Archae - 108; Bacteria - 6649; Metazoa - 2891; Fungi - 1367; Plants - 1258; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 3808 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16648865..16650646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24595.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 224 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRREISFLLQ PRCLLLLVAL TIFLVFALFN TGKDEEKQVI EDHEITNRVF LDVDIDGQRL GRIVIGLYGT VVPKTVENFR ALCTGEKGKT SSGKPLHYKG 101: TPFHRIISGF VIQGGDIIHG DGKSSDSIYG GTFPDENFKI QHSHAGMVAM ANTGPDSNGS QFFITTVKAS WLEGEHVVLG KVIQGMDNVF AIEGGAGTYS 201: GKPRKKVVIA DSGEIPKDKW DEER |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)