AT4G25740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA binding Plectin/S10 domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA binding Plectin/S10 domain-containing protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plectin/S10, N-terminal (InterPro:IPR005326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA binding Plectin/S10 domain-containing protein (TAIR:AT5G52650.1); Has 2455 Blast hits to 1939 proteins in 382 species: Archae - 0; Bacteria - 320; Metazoa - 798; Fungi - 208; Plants - 219; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 909 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13107488..13108751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19448.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 177 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIISENNRRE ICKYLFKEGV CFAKKDFNLP KHPLIDVPNL QVIKLMQSFK SKEYVRETFA WMHYYWFLTN EGIEFLRTYL NLPSDVVPAT LKKSAKPGGR 101: PFGGPPGDRQ RGPPRSDGDR PRFGDRDGYR GGPRGGDEKG GAPADFQPSF QGGGGRPGFG RGAGGYSAAA PSGSGFP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)