AT4G20890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubulin beta-9 chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
tubulin 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubulin beta-9 chain (TUB9); FUNCTIONS IN: structural molecule activity, GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: tubulin complex, chloroplast, plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta tubulin (InterPro:IPR002453), Tubulin (InterPro:IPR000217), Tubulin/FtsZ, GTPase domain (InterPro:IPR003008), Tubulin/FtsZ, N-terminal (InterPro:IPR019746), Tubulin/FtsZ, C-terminal (InterPro:IPR008280), Beta tubulin, autoregulation binding site (InterPro:IPR013838), Tubulin, conserved site (InterPro:IPR017975), Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain (InterPro:IPR018316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin beta chain 4 (TAIR:AT5G44340.1); Has 23670 Blast hits to 23574 proteins in 4893 species: Archae - 39; Bacteria - 42; Metazoa - 4465; Fungi - 14215; Plants - 1550; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3359 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11182218..11183840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49660.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 444 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MREILHIQGG QCGNQIGAKF WEVICGEHGI DQTGQSCGDT DLQLERINVY FNEASGGKYV PRAVLMDLEP GTMDSLRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN 101: WAKGHYTEGA ELIDSVLDVV RKEAENCDCL QGFQVCHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRMMMTFSVF PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENADECM 201: VLDNEALYDI CFRTLKLANP TFGDLNHLIS ATMSGVTCCL RFPGQLNSDL RKLAVNLIPF PRLHFFMVGF APLTSRGSQQ YSALSVPELT QQMWDAKNMM 301: CAADPRHGRY LTASAVFRGK MSTKEVDEQM MNVQNKNSSY FVEWIPNNVK SSVCDIAPTG LKMASTFIGN STSIQEMFRR VSEQFTAMFR RKAFLHWYTG 401: EGMDEMEFTE AESNMNDLVA EYQQYQDATV GEEEYEEDEE EEEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)