AT4G20460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein; FUNCTIONS IN: coenzyme binding, UDP-glucose 4-epimerase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: galactose metabolic process, cellular metabolic process, nucleotide-sugar metabolic process, metabolic process; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose 4-epimerase (InterPro:IPR005886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT1G30620.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11029767..11031765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45157.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 411 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSFSRARSQ GRNTRPLGGG MEYLEPKRKS NVMGKIILVV SLTALCIFML KHAPSFTSPT AFSRSEEGVT HVLVTGGAGY IGSHAALRLL KDSYRVTIVD 101: NLSRGNLGAV KVLQGLFPEP GRLQFIYADL GDAKAVDKIF SENAFDAVMH FAAVAYVGES TLDPLKYYHN ITSNTLVVLE AVARHKVKKL IYSSTCATYG 201: EPDKMPIVEV TPQVPINPYG KAKKMAEDMI LDFSKNSDMA VMILRYFNVI GSDPEGRLGE APKPELREHG RISGACFDAA RGVIPGLQVK GTDYKTGDGT 301: CVRDYIDVTD LVDAHVKALE KAKPRNVGIY NVGTGKGRSV KEFVEACKKA TGVDIKVDFL PRRPGDYAEV YSDPAKILRD LNWSARYTNL QESLEVAWKW 401: QKTHPHGYAS S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)