AT4G20050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.934 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectin lyase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a polygalacturonase that plays a direct role in degrading the pollen mother cell wall during microspore development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
QUARTET 3 (QRT3); FUNCTIONS IN: polygalacturonase activity; INVOLVED IN: microsporogenesis, pollen exine formation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT4G20040.1); Has 103 Blast hits to 103 proteins in 26 species: Archae - 2; Bacteria - 18; Metazoa - 0; Fungi - 3; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10849911..10852090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51661.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 481 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELRKSQVAM PVFLAIMSLM VSQVVFAEKD SGSMSPHDRA LAEMQALKAS LVRRNLPALV SPPPTPPQAV PGPRVYQVIS YGADPTGKLD STDAILKAME 101: EAFDGPNHGV LMQGINDLGG ARIDLQGGSY LISRPLRFPS AGAGNLLISG GTLRASNDFP VDRYLIELKD ESSKLQYIFE YITLRDLLID CNYRGGAIAV 201: INSLRTSIDN CYITRFGDTN GILVKSGHET YIRNSFLGQH ITAGGDRGER SFSGTAINLM GNDNAVTDTV IFSARIGVMV SGQANLLSGV HCYNKATGFG 301: GTGIYLRLPG LTQNRIVNSY LDYTGIVAED PVQLQISGTF FLGDAFILLK SIAGYIRGVS IVDNMFSGSG HGVQIVQLDQ RNTAFDDVGQ VVVDRNSVNG 401: MVEKSTVARG SVDGNGTSWT VDFNPVLLFP DLINHVQYTL VASEAGVFPL HALRNVSDNR VVVETNAPVT GTVYVTVNQG V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)