AT4G18975.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT4G21190.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10392170..10393665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33254.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALCNLNPTQ GIFPLQGLSK SQEFICFSLL QSPRCGSYSS LKTKRFGFCI RSKFSEKEAG KLDRGYVATV NSKEIKKVGK KEHHLWKKND SAGSGQKALN 101: LVRMLSGLPN EKEAVYGALN KWVAWEVEFP IIAAAKALQI LRKRSQWHRV IQLAKWMLSK GQGATMGTYD ILLLAFDMDE RADEAESLWN MILHTHTRSI 201: PRRLFARMIA LYAHHDLHDK VIEVFADMEE LKVSPDEDSA RRVARAFREL NQEENRKLIL RRYLSEYKYI YFNGERVRVK RYFSEDS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)