AT4G17830.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase M20/M25/M40 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase M20/M25/M40 family protein; FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, hydrolase activity; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M20 (InterPro:IPR002933), Peptidase M20, dimerisation (InterPro:IPR011650); Has 6221 Blast hits to 6219 proteins in 1645 species: Archae - 204; Bacteria - 4419; Metazoa - 218; Fungi - 167; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1135 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9915916..9918049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48219.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSKALIE SIGSLDKDSY VSLLSKLIGE SKFVQNNPPE LIPQEDLIVK HVLDSLRPYS TETGGGPLVI NHVAYHSGRG NLIVEYPGSV PGKILSFVGM 101: HMDVVTANPD DWEFDPFSLS IDGDKLRGRG TTDCLGHVAL VTELMKKLGQ AKPALKSTVV AVFIASEENS SIPGVGVDML VKDKLLDKLK SGPLYWIDTA 201: DKQPCVGTGG MIPWKLQFTG KLFHSGLAHK AINAMELAME GLKEIQARFY RDFPPHPQEE VYGFATPSTM KPTQWCYPAG GINQIPGECT VSGDVRLTPF 301: YDVKEVITKL QEYVDDINGN IERLETRGPV SKYVLPDENL RGRLTLSFDE ASAGVACNLD SPGFHVLCKA TEEVVGHVKP YSITGTLPLI RDLQDEGFDV 401: QTSGYGLMAT YHAKNEYCLL TDMCQGFDVF IRIISQLEQV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)