AT4G17260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lactate/malate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Lactate/malate dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: response to salt stress, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: L-lactate dehydrogenase (InterPro:IPR011304), Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), L-lactate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR018177), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G22780.1); Has 16816 Blast hits to 16800 proteins in 5066 species: Archae - 248; Bacteria - 11859; Metazoa - 1173; Fungi - 517; Plants - 405; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2614 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9674057..9675309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37952.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKNASTSSL KDLGPSGLDL TSAFFKPIHN SDPSLPSNRR TKVSVVGVGN VGMAIAQTIL TQDLADEIAL VDAKPDKLRG EMLDLQHAAA FLPRTKITAS 101: VDYEVTAGSD LCIVTAGARQ NPGESRLNLL QRNVALFRHI IPPLAKASPD SILIIVSNPV DVLTYVAWKL SGFPVNRVLG SGTNLDSSRF RFLIADHLDV 201: NAQDVQAFIV GEHGDSSVAL WSSISVGGIP VLSFLEKNQI AYEKQTLEDI HQAVVGSAYE VIGLKGYTSW AIGYSVANLA RTILRDQRKI HPVTVLARGF 301: YGVDGGDVFL SLPALLGRNG VVAVTNVHMT DEEAEKLQKS AKTILEMQSQ LGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)