AT4G33070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TPP-binding enzyme, conserved site (InterPro:IPR000399), Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain (InterPro:IPR012000), Pyruvate decarboxylase/indolepyruvate decarboxylase (InterPro:IPR012110), Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain (InterPro:IPR012001), Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding (InterPro:IPR011766); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein (TAIR:AT5G01320.1); Has 20589 Blast hits to 20526 proteins in 2548 species: Archae - 428; Bacteria - 13367; Metazoa - 177; Fungi - 761; Plants - 551; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 5301 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15952519..15954676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66216.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 607 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTKIGSIDD CKPTNGDVCS PTNGTVATIH NSVPSSAITI NYCDATLGRH LARRLVQAGV TDVFSVPGDF NLTLLDHLMA EPDLNLIGCC NELNAGYAAD 101: GYARSRGVGA CVVTFTVGGL SVLNAIAGAY SENLPLICIV GGPNSNDYGT NRILHHTIGL PDFSQELRCF QTVTCYQAVV NNLDDAHEQI DKAISTALKE 201: SKPVYISVSC NLAAIPHHTF SRDPVPFSLA PRLSNKMGLE AAVEATLEFL NKAVKPVMVG GPKLRVAKAC DAFVELADAS GYALAMMPSA KGFVPEHHPH 301: FIGTYWGAVS TPFCSEIVES ADAYIFAGPI FNDYSSVGYS LLLKKEKAIV VQPDRITVAN GPTFGCILMS DFFRELSKRV KRNETAYENY HRIFVPEGKP 401: LKCESREPLR VNTMFQHIQK MLSSETAVIA ETGDSWFNCQ KLKLPKGCGY EFQMQYGSIG WSVGATLGYA QASPEKRVLA FIGDGSFQVT VQDISTMLRN 501: GQKTIIFLIN NGGYTIEVEI HDGPYNVIKN WNYTGLVDAI HNGEGNCWTA KVRYEEELVE AITTATTEKK DCLCFIEVIL HKDDTSKELL EWGSRVSAAN 601: SRPPNPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)