AT4G16700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylserine decarboxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a mitochondrial phosphatidylserine decarboxylase. Expressed mainly in roots and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylserine decarboxylase 1 (PSD1); FUNCTIONS IN: phosphatidylserine decarboxylase activity; INVOLVED IN: phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylserine decarboxylase-related (InterPro:IPR003817), Phosphatidylserine decarboxylase (InterPro:IPR005221); Has 2996 Blast hits to 2984 proteins in 1194 species: Archae - 0; Bacteria - 2050; Metazoa - 197; Fungi - 312; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 369 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9395815..9398261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50562.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKPRFPQNVY FLARYSYLRR FQHSQRRTFS SFLNNIRSNY SGARASPLGG SSGAGAGAGG GGTGDSKGNA FLVPGATMAT ILMLGALHAR RLYEDKKIEE 101: KREKGIELEF HPDIKASFLG VLPLRSISRA WGSFMSLEIP VWMRPYAYKA WARAFHSNLE EAALPLEEYT SLQDFFVRSL KEGCRPIDPD PCCLVSPVDG 201: TVLRFGELKG NRGMIEQVKG HSYSVPALLG NNSLLPMEPE GKNESKEEAV GDKSDKSWLR VSLASPKLRE NVSASPMKGL YYCVIYLKPG DYHRIHSPAD 301: WNATVRRHFA GRLFPVNERA TRTIRNLYVE NERVVLEGIW KEGFMALAAV GATNIGSIEL FIEPELRTNK PKKKLFPTEP PEERVYDPEG LGLRLEKGKE 401: VAVFNMGSTV VLIFQAPTAN TPEGSSSSSD YRFCVKQGDR VRVGQALGRW KEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)