AT4G14096.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.623 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G14103.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8124606..8126202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52875.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 468 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLSGCRDII SSLPEAISCH ILSFLPTKEA ASTSVLSKKW RYLFAFVPNL DLDESVYLNP ENETEVSSSF MDFVDRVLAL QGNSPLHKFS LKIGDGVEPD 101: RIIPWINNVL ERGVSDLDLH VYMETEFVFP SEMFLSKTLV RLKLMLYPLL EFEDVYLPKL KTLYIDSCYF EKYGIGLTKL LSGCPILEDL VLDDIPWCTW 201: DFASVSVPTL KRLTFSTQVR DEFPKSVSID TPNLVYLKFT DTVAGKYPKV NFDSLVEAHI DLRLLQGHQG YGENDMVGNA TDFIMRICNV KTLYLSSNTL 301: QVLTYSCDAI PIFNNLTHLT IESNPEVGWQ SLPGLLKNSP NLETLIFQGL IHKATDKCGD VCLCKPREEI RSCLASSPVK VIKILKFGEI SDDMEKQREQ 401: IKYFLETMPN LEKMILYYNT TSVEDVTEVS SRLQRLVSKL ASSTCIVQLI SDNLSLSSTV STNGLLCF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)