AT4G12560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box and associated interaction domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes CPR30 (Constitutive Expresser of PR Genes 30), a F-Box protein that functions as a negative regulator of defense response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CONSTITUTIVE EXPRESSER OF PR GENES 30 (CPR30); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), F-box associated domain, type 1 (InterPro:IPR006527), F-box associated interaction domain (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box associated ubiquitination effector family protein (TAIR:AT4G22390.1); Has 1743 Blast hits to 1730 proteins in 49 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1741; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7441815..7443157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47261.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATIPMDIVN DIFLRLPAKT LVRCRALSKP CYHLINDPDF IESHLHRVLQ TGDHLMILLR GALRLYSVDL DSLDSVSDVE HPMKRGGPTE VFGSSNGLIG 101: LSNSPTDLAV FNPSTRQIHR LPPSSIDLPD GSSTRGYVFY GLGYDSVSDD YKVVRMVQFK IDSEDELGCS FPYEVKVFSL KKNSWKRIES VASSIQLLFY 201: FYYHLLYRRG YGVLAGNSLH WVLPRRPGLI AFNLIVRFDL ALEEFEIVRF PEAVANGNVD IQMDIGVLDG CLCLMCNYDQ SYVDVWMMKE YNVRDSWTKV 301: FTVQKPKSVK SFSYMRPLVY SKDKKKVLLE LNNTKLVWFD LESKKMSTLR IKDCPSSYSA ELVVSSLVLG CKGDLNNIKY RKEQQAKEAR EAKIMQNTKR 401: RDDFLSKGFK LVL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)