AT4G11370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.953 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING-H2 finger A1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative RING-H2 finger protein RHA1a. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING-H2 finger A1A (RHA1A); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING-H2 finger A1B (TAIR:AT4G11360.1); Has 7373 Blast hits to 7354 proteins in 262 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1768; Fungi - 541; Plants - 4120; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 932 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6907777..6908256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18309.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 159 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLPEDFITE LQIPSYILKI LYVIGFFRDI VDALCPYIGL PRFLDHNETS APDLTRHALS TSASLANELI PVVRFSDLPT DPEDCCTVCL SDFESDDKVR 101: QLPKCGHVFH HYCLDRWIVD YNKMKCPVCR HRFLPKEKYT QSDWGSGSDW FSDEVESTN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)