AT4G04210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant UBX domain containing protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana CDC48-interacting UBX-domain protein (PUX4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant UBX domain containing protein 4 (PUX4); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UBX (InterPro:IPR001012), SEP domain (InterPro:IPR012989); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant UBX domain-containing protein 3 (TAIR:AT4G22150.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2030391..2031670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32898.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSKDKKPSK PSSSRGGIRT LSDLNRRSGP DSDSDSDGPQ EYYTGGEKSG MLVQDPSKKD DVDEIFNQAR QLGAVEGPLE PPPSSRSFTG TGRLLSGENV 101: PTGNQQPEPV VHNIVFWSNG FTIDDGPLRK LDDPENASFL ESIRKSECPK ELEPADRRAP VHVNLMRKEE KCPERQKRRV SFQGVGRTLG GSNEGSGSSS 201: PVAPDSAPIP IQTEPAPSQS LVIDETVPTT SIQLRLADGT RLVAKFNHHH TVNDIRGFID SSRPGASLNY QLQTMGFPPK PLTDLTQTIE EAGLANSVVL 301: QKF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)