AT4G03100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Rho GTPase activating protein with PAK-box/P21-Rho-binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Rho GTPase activating protein with PAK-box/P21-Rho-binding domain; FUNCTIONS IN: Rac GTPase activator activity; INVOLVED IN: signal transduction; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PAK-box/P21-Rho-binding (InterPro:IPR000095), Rho GTPase activation protein (InterPro:IPR008936), RhoGAP (InterPro:IPR000198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rho GTPase activating protein with PAK-box/P21-Rho-binding domain (TAIR:AT5G22400.1); Has 3907 Blast hits to 3903 proteins in 187 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2865; Fungi - 460; Plants - 187; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 395 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1374361..1375913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47302.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 430 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTGLVMMTKG GGCGGGGKGG RRKSTAEEEE EEEQNQQQLS LVEFLLTALR KSVVSCRVDN RQDDGGVGGG ISSAVHHMEI GWPTNVRHIT HVTFDRFHGF 101: LGLPHELQVE IPCRVPSASV SVFGVSAESM QCSYDEKGNS VPTILLLMQE RLYSQQGLKA EGIFRINPEN SQEEHVRDQL NRGIVPENID VHCLAGLIKA 201: WFRELPSGVL DGLSPEEVLN CNTEDESVEL IKQLKPTESA LLNWAVDLMA DVVEEEESNK MNARNIAMVF APNMTQMTDP LTALMHAVQV MNLLKTLITK 301: TLAEREENAT GSEGYSPSHS SNSQTDSDSD NAQDMEVSCE SQATDSECGE EEEVEEVEQH QEHLSRHSTH EDETDIGSLC SIEKCFLNQL NNNAARVSNT 401: SISEDWSPKA FPLVSFTENK SNTLSSSTSD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)