AT4G00230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xylem serine peptidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
xylem serine peptidase 1 (XSP1); FUNCTIONS IN: identical protein binding, serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, negative regulation of catalytic activity; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Peptidase S8/S53, subtilisin/kexin/sedolisin (InterPro:IPR000209), Peptidase S8, subtilisin-related (InterPro:IPR015500), Peptidase S8/S53, subtilisin, active site (InterPro:IPR022398), Proteinase inhibitor I9, subtilisin propeptide (InterPro:IPR010259); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Subtilisin-like serine endopeptidase family protein (TAIR:AT5G03620.1); Has 8915 Blast hits to 7721 proteins in 1255 species: Archae - 263; Bacteria - 5173; Metazoa - 170; Fungi - 606; Plants - 1952; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 751 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:93935..97289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80333.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 749 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIRSKCSCHH HLLVLVMVVL WISPRYASAE DEHAKDFYII YLGDRPDNTE ETIKTHINLL SSLNISQEEA KERKVYSYTK AFNAFAAKLS PHEAKKMMEM 101: EEVVSVSRNQ YRKLHTTKSW DFVGLPLTAK RHLKAERDVI IGVLDTGITP DSESFLDHGL GPPPAKWKGS CGPYKNFTGC NNKIIGAKYF KHDGNVPAGE 201: VRSPIDIDGH GTHTSSTVAG VLVANASLYG IANGTARGAV PSARLAMYKV CWARSGCADM DILAGFEAAI HDGVEIISIS IGGPIADYSS DSISVGSFHA 301: MRKGILTVAS AGNDGPSSGT VTNHEPWILT VAASGIDRTF KSKIDLGNGK SFSGMGISMF SPKAKSYPLV SGVDAAKNTD DKYLARYCFS DSLDRKKVKG 401: KVMVCRMGGG GVESTIKSYG GAGAIIVSDQ YLDNAQIFMA PATSVNSSVG DIIYRYINST RSASAVIQKT RQVTIPAPFV ASFSSRGPNP GSIRLLKPDI 501: AAPGIDILAA FTLKRSLTGL DGDTQFSKFT ILSGTSMACP HVAGVAAYVK SFHPDWTPAA IKSAIITSAK PISRRVNKDA EFAYGGGQIN PRRAASPGLV 601: YDMDDISYVQ FLCGEGYNAT TLAPLVGTRS VSCSSIVPGL GHDSLNYPTI QLTLRSAKTS TLAVFRRRVT NVGPPSSVYT ATVRAPKGVE ITVEPQSLSF 701: SKASQKRSFK VVVKAKQMTP GKIVSGLLVW KSPRHSVRSP IVIYSPTSD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)