AT3G60180.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: nucleobase, nucleoside, nucleotide kinase activity, uridylate kinase activity, nucleotide kinase activity, ATP binding, phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor; INVOLVED IN: pyrimidine ribonucleotide metabolic process, nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process, anaerobic respiration; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UMP-CMP kinase (InterPro:IPR006266), Adenylate kinase (InterPro:IPR000850); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT5G26667.3); Has 14052 Blast hits to 13886 proteins in 4941 species: Archae - 98; Bacteria - 9111; Metazoa - 1210; Fungi - 485; Plants - 464; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2684 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22242781..22244015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 23048.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METPIDAPNK DEHECPRWKK STVVFVLGGP GSGKGTQCAN VVKHFSYTHF SAGDLLRAEI KSGSEFGAMI QSMIAEGRIV PSEITVKLLC KAMEESGNDK 101: FLIDGFPRNE ENRNVFENVA RIEPAFVLFF DCPEEELERR IMSRNQGRED DNIETIKKRF KVFVESTLPI ISYYESKGKL RKINAAKSSE EVFEAVRVLF 201: ASET |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)