AT3G57410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.920 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : villin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with high homology to animal villin. VLN3 is a Ca2+-regulated villin involved in actin filament bundling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
villin 3 (VLN3); FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: cytoskeleton organization; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gelsolin (InterPro:IPR007122), Villin headpiece (InterPro:IPR003128), Gelsolin domain (InterPro:IPR007123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: villin 2 (TAIR:AT2G41740.1); Has 7542 Blast hits to 2948 proteins in 413 species: Archae - 0; Bacteria - 496; Metazoa - 2427; Fungi - 350; Plants - 307; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 3937 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21243615..21249809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 106354.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 965 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGSTKVLDP AFQGVGQKPG TEIWRIENFE PVPVPKSEHG KFYMGDTYIV LQTTQNKGGA YLFDIHFWIG KDTSQDEAGT AAVKTVELDA ALGGRAVQYR 101: EIQGHESDKF LSYFKPCIIP LEGGVASGFK KPEEEEFETR LYTCKGKRAV HLKQVPFARS SLNHDDVFIL DTKEKIYQFN GANSNIQERA KALVVIQYLK 201: DKFHEGTSDV AIVDDGKLDT ESDSGEFWVL FGGFAPIARK VASEDEIIPE TTPPKLYSIA DGQVESIDGD LSKSMLENNK CYLLDCGSEI FIWVGRVTQV 301: EERKTAIQAA EDFVASENRP KATRITRVIQ GYEPHSFKSN FDSWPSGSAT PANEEGRGKV AALLKQQGVG LKGLSKSTPV NEDIPPLLEG GGKLEVWYID 401: ANSKTVLSKD HVGKLYSGDC YLVLYTYHSG ERKEDYFLCC WFGKNSNQED QETAVRLAST MTNSLKGRPV QARIFEGKEP PQFVALFQHM VVLKGGLSSG 501: YKNSMTEKGS SGETYTPESI ALIQVSGTGV HNNKALQVEA VATSLNSYDC FLLQSGTSMF LWVGNHSTHE QQELAAKVAE FLKPGTTIKH AKEGTESSSF 601: WFALGGKQNF TSKKVSSETV RDPHLFSFSF NRGKFQVEEI HNFDQDDLLT EEMHLLDTHA EVFVWVGQCV DPKEKQTAFE IGQRYINLAG SLEGLSPKVP 701: LYKITEGNEP CFFTTYFSWD STKATVQGNS YQKKAALLLG THHVVEDQSS SGNQGPRQRA AALAALTSAF NSSSGRTSSP SRDRSNGSQG GPRQRAEALA 801: ALTSAFNSSP SSKSPPRRSG LTSQASQRAA AVAALSQVLT AEKKKSPDTS PSAEAKDEKA FSEVEATEEA TEAKEEEEVS PAAEASAEEA KPKQDDSEVE 901: TTGVTFTYER LQAKSEKPVT GIDFKRREAY LSEVEFKTVF GMEKESFYKL PGWKQDLLKK KFNLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)