AT2G43160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ENTH/VHS family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ENTH/VHS family protein; FUNCTIONS IN: binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Epsin, N-terminal (InterPro:IPR001026), Epsin-like, N-terminal (InterPro:IPR013809), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ENTH/VHS family protein (TAIR:AT3G59290.1); Has 18929 Blast hits to 13912 proteins in 880 species: Archae - 58; Bacteria - 1548; Metazoa - 8281; Fungi - 4113; Plants - 1702; Viruses - 130; Other Eukaryotes - 3097 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17948884..17953267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95483.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 895 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKKVFGQTVR DLKREVNKKV LKVPGVEQKV LDATSNEPWG PHGSLLADLA QASRNYHEYQ LIMVVIWKRL SDTGKNWRHV YKALTVLEYM VGHGSERVID 101: EIRERAYQIS TLSDFQYIDS GGRDQGSNVR KKSQSLVALV NDKERIAEVR QKAAANRDKY RSSAPGGMYK PSGGYGDKYD YGSRDEERSS YGREREYGYR 201: DDDRNSRDGD RHSRDSEDRY GRDGNRDDDY RGRSRSVDNY GSRGRSSERE REDDGHSSSR GSGARADDNS QDGRGGLQRK FSEQNIGAPP SYEEAVSDSR 301: SPVYSERDGG ETPQVTAPGA ASPPPPQVAA PEAASPPTGT NTANTTATFV NESPSQKVET FDEFDPRSAF SAGPPAYAST DGVTAPPTVT SMSAPTTSNS 401: VEMDLLGSLA DVFSSNALAI VPADSIYVET NGQANAGPAP SFSTSQPSTQ SFDDPFGDSP FKAFTSTDTD STPQQNFGAS FQPPPPAFTS EVSHPDTAHN 501: FGFGDSFSAV ANPDPASQNV QPPSNSPGFP QEQFATSQSG IDILAGILPP SGPPVQSGPS IPTSQFPPSG NNMYEGFHSQ PPVSTAPNLP GQTPFGQAVQ 601: PYNMVPHSQN MTGAMPFNSG GFMHQPGSQT PYSTPSGPAG QFMAHQGHGM PPSHGPQRTQ SGPVTLQGNN NVMGDMFSQA TPNSLTSSSS HPDLTPLTGA 701: IEIVPPPQKK FEPKSSVWAD TLSRGLVNFN ISGSKTNPLA DIGVDFEAIN RREKRLEKQT NTPATSTINM GKAMGSGTGL GRSGATAMRP PPNPMTGSGM 801: PMGGGMGVGS YGGMNQNQPM GMGMGAGMNQ NQPMGMGMGP GMNMNMNMGG YGQGYPMQPQ NPGMVPSPNM PGNNYNPMMG QGGYNPQQSY GGGYR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)