AT3G56570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SET domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RuBisCO-cytochrome methylase, RMS1 (InterPro:IPR011383); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rubisco methyltransferase family protein (TAIR:AT1G14030.1); Has 25210 Blast hits to 12491 proteins in 636 species: Archae - 52; Bacteria - 1284; Metazoa - 10981; Fungi - 2786; Plants - 1267; Viruses - 743; Other Eukaryotes - 8097 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20958660..20961137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59454.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATRRLRAFK RWMQANGVDC SEALNLVDDE NDGVSVRAFC DLKEGDVVAN ISKTACLTIK TSGAREMIES ADLDGSLGLS VALMYERSLG EESPWAGYLQ 101: ILPIQEDLPL VWSLEDLDSL LSGTELHKLV KEDHVLIYED WKENILPLTS SLPQNVDSDS FGIKEYLAAK SLIASRSFEI DDYHGSGMVP LADLFNHKTG 201: AEDVHFTHES DSEADESDND DAANETTDED EPSSKISSSP EQSFEEVPGE NTDDEAKEEE EEEEEEEEGE EEEEGEEEEE NSSMLQNDQS GLKMIMVKDV 301: SAGAEVFNTY GLMGNAALLH RYGFTELDNP YDIVNIDLEL VTEWSTSSFT SRYTRARLAL WRKLGYTGCE SQNSEYFEVS STGEPQTELL ILLYILLLPD 401: DTYNKLDLAE STTGASPSKE GKRSSSYEIT IGKHKFVYGE SGNDILLTDG VCEALLTIVD KRESLYGSLS SLEDDIVRVK TCCLPRDRRL YHSLVLRVSE 501: RKILKKLRSY IHTQTNESSS GKRRKKMVPK S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)