AT3G55620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Translation initiation factor IF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1624 (emb1624); FUNCTIONS IN: ribosome binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation initiation factor IF6 (InterPro:IPR002769); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation initiation factor IF6 (TAIR:AT2G39820.1); Has 941 Blast hits to 941 proteins in 349 species: Archae - 255; Bacteria - 0; Metazoa - 235; Fungi - 146; Plants - 134; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 171 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20634581..20636312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26483.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 245 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATRLQFENN CEVGVFSKLT NAYCLVAIGG SENFYSAFES ELADVIPIVK TSIGGTRIIG RLCAGNKNGL LVPHTTTDQE LQHLRNSLPD QVVVQRIDER 101: LSALGNCIAC NDYVALAHTD LDKETEEIIA DVLGVEVFRQ TIAGNILVGS YCALSNKGGM VHPHTSVEDL EELSTLLQVP LVAGTVNRGS EVIAAGMTVN 201: DWTSFCGSDT TATELSVIDS IFKLREAQPS SIVDEMRKSL IDTYV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)