AT3G54810.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant-specific GATA-type zinc finger transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a GATA type zinc finger domain that is expressed in the embryo axis and involved in germination. Mutants have a reduced rate of germination even when stratified. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BLUE MICROPYLAR END 3 (BME3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Transcription factor, GATA, plant (InterPro:IPR016679), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 11 (TAIR:AT1G08010.2); Has 1480 Blast hits to 1450 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 58; Fungi - 544; Plants - 806; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20296957..20298236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35630.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGTSFPEDL DCGNFFDNMD DLMDFPGGDI DVGFGIGDSD SFPTIWTTHH DTWPAASDPL FSSNTNSDSS PELYVPFEDI VKVERPPSFV EETLVEKKED 101: SFSTNTDSSS SHSQFRSSSP VSVLESSSSS SQTTNTTSLV LPGKHGRPRT KRPRPPVQDK DRVKDNVCGG DSRLIIRIPK QFLSDHNKMI NKKKKKKAKI 201: TSSSSSSGID LEVNGNNVDS YSSEQYPLRK CMHCEVTKTP QWRLGPMGPK TLCNACGVRY KSGRLFPEYR PAASPTFTPA LHSNSHKKVA EMRNKRCSDG 301: SYITEENDLQ GLIPNNAYIG VD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)