AT3G52950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Octicosapeptide/Phox/Bem1p (InterPro:IPR000270), Cystathionine beta-synthase, core (InterPro:IPR000644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein (TAIR:AT2G36500.1); Has 6963 Blast hits to 5172 proteins in 1360 species: Archae - 807; Bacteria - 5016; Metazoa - 6; Fungi - 130; Plants - 259; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 745 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19634866..19636536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60029.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 556 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTQATGPSS TSGRRSNSTV RRGPPPSKKP VQSENGSVNG NTSKPNSPPP QPQSQAPSNG ERTVKKLRLS KALTIPEGTT VFDACRRMAA RRVDACLLTD 101: SSALLSGIVT DKDVATRVIA EGLRPDQTLV SKVMTRNPIF VTSDSLALEA LQKMVQGKFR HLPVVENGEV IALLDITKCL YDAISRMEKA AEQGSALAAA 201: VEGVEKQWGS GYSAPYAFIE TLRERMFKPA LSTIITDNSK VALVAPSDPV SVAAKRMRDL RVNSVIISTG NKISGILTSK DILMRVVAQN LSPELTLVEK 301: VMTPNPECAS LETTILDALH TMHDGKFLHL PIIDKDGSAA ACVDVLQITH AAISMVENSS GAVNDMANTM MQKFWDSALA LEPPDDSDTQ SEMSAMMHHS 401: DIGKLSSYPS LGLGNSFSFK FEDLKGRVHR FTSGAENLEE LMGIVMQRIG SDNNNVEQRP QIIYEDDEGD KVLITSDSDL VGAVTLARST GQKVLRLHLD 501: FTESTRSLSS ETTQLKKGDS RDRGSGWVSW RGGVVVTGAV VLTSIAIVVY LKRSKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)