AT3G50650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GRAS family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GRAS family transcription factor; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAS family transcription factor (TAIR:AT5G66770.1); Has 2907 Blast hits to 2857 proteins in 413 species: Archae - 0; Bacteria - 24; Metazoa - 184; Fungi - 97; Plants - 2517; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18806472..18808100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60782.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 542 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYMCTDSGN LMAIAQQLIK QKQQQQSQHQ QQEEQEQEPN PWPNPSFGFT LPGSGFSDPF QVTNDPGFHF PHLEHHQNAA VASEEFDSDE WMESLINGGD 101: ASQTNPDFPI YGHDPFVSFP SRLSAPSYLN RVNKDDSASQ QLPPPPASTA IWSPSPPSPQ HPPPPPPQPD FDLNQPIFKA IHDYARKPET KPDTLIRIKE 201: SVSESGDPIQ RVGYYFAEAL SHKETESPSS SSSSSLEDFI LSYKTLNDAC PYSKFAHLTA NQAILEATNQ SNNIHIVDFG IFQGIQWSAL LQALATRSSG 301: KPTRIRISGI PAPSLGDSPG PSLIATGNRL RDFAAILDLN FEFYPVLTPI QLLNGSSFRV DPDEVLVVNF MLELYKLLDE TATTVGTALR LARSLNPRIV 401: TLGEYEVSLN RVEFANRVKN SLRFYSAVFE SLEPNLDRDS KERLRVERVL FGRRIMDLVR SDDDNNKPGT RFGLMEEKEQ WRVLMEKAGF EPVKPSNYAV 501: SQAKLLLWNY NYSTLYSLVE SEPGFISLAW NNVPLLTVSS WR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)