AT3G50050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.935 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Eukaryotic aspartyl protease family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic aspartyl protease family protein (TAIR:AT5G43100.1); Has 5152 Blast hits to 5136 proteins in 391 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1866; Fungi - 764; Plants - 2030; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 492 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18554138..18557115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69752.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 632 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALPSISSIG ATFSLLIYLS LPYSITAGEN NLLHQSPTAR SRRPMVFPLF LSQPNSSSRS ISIPHRKLHK SDSKSLPHSR MRLYDDLLIN GYYTTRLWIG 101: TPPQMFALIV DSGSTVTYVP CSDCEQCGKH QDPKFQPEMS STYQPVKCNM DCNCDDDREQ CVYEREYAEH SSSKGVLGED LISFGNESQL TPQRAVFGCE 201: TVETGDLYSQ RADGIIGLGQ GDLSLVDQLV DKGLISNSFG LCYGGMDVGG GSMILGGFDY PSDMVFTDSD PDRSPYYNID LTGIRVAGKQ LSLHSRVFDG 301: EHGAVLDSGT TYAYLPDAAF AAFEEAVMRE VSTLKQIDGP DPNFKDTCFQ VAASNYVSEL SKIFPSVEMV FKSGQSWLLS PENYMFRHSK VHGAYCLGVF 401: PNGKDHTTLL GGIVVRNTLV VYDRENSKVG FWRTNCSELS DRLHIDGAPP PATLPSNDSN PSHNSSSNLS GVTQVGQINL DIQLTVNSSY LKPRIEDLSK 501: IFSKELDVKS SQVSLSNLTS KGNESLVRMV VLPPEPSTWF SNVTATNIVS RFTNHQIKLP EIFGNYQLVN YKLEPPRKRT NNNIVVIAIG IIAVIVGLSA 601: YGAWLIWKRK QTSIPYKPVD EAIVAEQELQ PI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)