AT3G49180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ROOT INITIATION DEFECTIVE 3 (RID3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT1G11160.1); Has 42486 Blast hits to 21489 proteins in 714 species: Archae - 48; Bacteria - 7251; Metazoa - 15456; Fungi - 9258; Plants - 4698; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5775 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18229810..18231874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48152.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 438 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEITVIASSS IDEGIGSWDL KTGTEQLQFK PCASPAHGLT AVGEKFLASS QLSARNTSGS IFYWSWTKPQ AEVKSYPVEP IKALAANNEG TYLVGGGISG 101: DIYLWEVATG KLLKKWHGHY RSVTCLVFSG DDSLLVSGSQ DGSIRVWSLI RLFDDFQRQQ GNTLYEHNFN EHTMSVTDIV IDYGGCNAVI ISSSEDRTCK 201: VWSLSRGKLL KNIIFPSVIN ALALDPGGCV FYAGARDSKI YIGAINATSE YGTQVLGSVS EKGKAITCLA YCADGNLLIS GSEDGVVCVW DPKSLRHVRT 301: LIHAKGSRKG PVNNIQIVRK TIVANSNKTQ VSWKSRGALI PPPLEKYERP VEDTMDGIVT VDPPPFSDVP VYSSFLSADL IDEQVKELQQ QGSAATEMEM 401: ERLKLEYKRS LQMNEQWQKN YENLLQVVME EEQIGGTN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)