AT3G44330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
INVOLVED IN: protein processing; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nicalin (InterPro:IPR016574), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Nicastrin (InterPro:IPR008710); Has 245 Blast hits to 243 proteins in 99 species: Archae - 6; Bacteria - 10; Metazoa - 139; Fungi - 0; Plants - 46; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16006754..16010671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62205.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 565 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEEKKSKQR HRVMVFESMY PILALMLILV ACVELCDAAT VVDVYRLIQY DISGVPFGSR FSSLNHHAAS LSFQRGADLS RSVLILPLRE LDIAFVQDYI 101: SQKQSLGGLL ILLPQTFRPG NVGGGSLSSE NDGFRSLLGQ LEKLLVHGNI PFPVYFAFEN EETDAMLADV KKNDALGQQA TATTGGYKLV ISVSEPRKIA 201: SPTITNIQGW LPGLRAEGDS SQLPTIAVVA SYDTFGAAPA LSVGSDSNGS GVVALLEVAR LFSVLYSNPK TRGKYNLLFA LTSGGPYNYE GTQKWLKSLD 301: QRMRESIDYA ICLNSVGSWD SELLIHVSKP PDNAYIKQIF EGFSNVAEDL GFQVALKHKK INISNSRVAW EHEQFSRLRV TAATLSELST PPELLENAGS 401: LSDTRQLVNE DAIIKGVKLV AESLAKHIYG HQGKDIKIFA DDSSLAVNPF YVRSWLDLLS QTPRVAPFLS KNEPLIMALK KELEDYTAEV SVQHESLDGS 501: FTFYDSTKAS LNIYQVASVT FDLLLLLVLG SYLIVLFSFL VITTRGLDDL ISLFRRPPSR KVKMG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)