AT3G22780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative DNA binding protein (tso1) mRNA, tso1-3 allele, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHINESE FOR 'UGLY' (TSO1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tesmin/TSO1-like, CXC (InterPro:IPR005172); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TESMIN/TSO1-like CXC 2 (TAIR:AT4G14770.1); Has 1209 Blast hits to 687 proteins in 91 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 404; Fungi - 6; Plants - 347; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 452 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8048927..8052058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76280.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 695 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKSQKNPTS QIGTSTPKSK FEDSPVFNYI SNLSPIESVK SISTAQTFSS LSFTSPPPVF TSPHVISHRE SRFFRCHNSV DRSKHLESLD GSAVKGEVVV 101: PLVEDLNKEA SLEDEEETSV ETSSELPQIM KFDSQTSEHS DSPCTEDVVI EASSDPPRGD NGSSSEDVTM GLQNMLVVRE GNDTPGCGRL ISDATELLVF 201: RSPNDSEAFR CLVDKISSSE RRFCAGVKST KRPDINKDIP ANGSSNENQP LAVLPTNESV FNLHRGGMRR RCLDFEMPGK RKKDIVDDQQ SVCDNNVAGE 301: SSSSCVVPGI GLHLNAVAMS AKDSNISVIH GYSISGEIQK SFSGSTTPIQ SQDTVQETSD QAENEPVEEV PKALVFPELN LGSLKKKMRK SEQAGEGESC 401: KRCNCKKSKC LKLYCECFAA GVYCIEPCSC IDCFNKPIHE ETVLATRKQI ESRNPLAFAP KVIRNADSIM EASDDASKTP ASARHKRGCN CKKSNCMKKY 501: CECYQGGVGC SMNCRCEGCT NVFGRKDGSL LVIMESKLEE NQETYEKRIA KIQHNVEVSK EVEQNPSSDQ PSTPLPPYRH LVVHQPFLSK NRLPPTQFFL 601: GTGSSSFRKP NSDLAQSQNE KKPLETVTED KTEIMPEILL NSPIANIKAI SPNSKRVSPP QPGSSESGSI LRRRGNGRKL ILRSIPAFPS LNPNQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)