AT3G21280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.800 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 7 (UBP7); FUNCTIONS IN: ubiquitin-specific protease activity, ubiquitin thiolesterase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 6 (TAIR:AT1G51710.1); Has 4498 Blast hits to 4321 proteins in 238 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2376; Fungi - 767; Plants - 642; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 711 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7478166..7482037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59835.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVIKPDPNQP GSTHPVRILA YIETKKEEEG KFFFFDIACL GFKKEINLVS LQHQTMLTVS VKWQKKVFES IEIDTSQPPF VFKAQLYDLS GVPPERQKIM 101: VKGGLLKDDA DWSTLGLKNG QKLMMMGTAD EIVKAPEKGP VFMEDLPEEQ QAANLGYSAG LVNLGNTCYM NSTMQCLISV PELKSELSNY QSARTKDVDQ 201: TSHMLTVATR ELFSELDKSV KAVAPMPFWM VLQKKYPQFA QLHNGNHMQQ DAEECWTQML YTLSQSLKLP SPSEDPDAVK ALFGLNLLNR LHCQESSEES 301: SETESVFSLK CHISHEVNHL HEGLKHGLKG ELEKTSPSLG RTAVYVKESL IDSLPRYLTV QFVRFFWKRE SNQKAKILRK VDYPLELDIY DLCSEDLRKK 401: LEAPRQKLRD IEGQKLGLQA SAKSSSKGDD VKMTDAEGSS NQSGESSTGD QQEGASPHMT GIYDLVSVLT HKGRSADSGH YVAWVKQESG KWVQYDDANT 501: SLQRGEDIIK LSGGGDWHMA YIVMYKARLI SM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)