AT3G20170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.688 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARM repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HEAT (InterPro:IPR000357), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), HEAT, type 2 (InterPro:IPR021133), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain (TAIR:AT2G23140.2); Has 3151 Blast hits to 1598 proteins in 216 species: Archae - 4; Bacteria - 31; Metazoa - 442; Fungi - 499; Plants - 1924; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 251 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7041780..7043207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52145.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 475 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSETESES RGFQNPDWET EFNRFENAIS SGSASIRVRS VLKLSDLTNR VPESYISRAI PILAGLLRVS DDSNRSVQAA AAHCLKCITC CGGEESGFAV 101: TMGRCGVIAS LLGLLLEANT DGNVFRRIWV KCLWSLVTFG SSIRVGLARL GGLEIVIREL NNWEDDGSRW YLLEILSALT TIRESRRVLV HSGGLKFLVE 201: AAKVGNLASR ERACHAIGLI GVTRRARRIL VEAGVIPALV DLYRDGDDKA KLLAGNALGI ISAQTEYIRP VTEAGSIPLY VELLSGQDPM GKDIAEDVFC 301: ILAVAEGNAV LIAEQLVRIL RAGDNEAKLA ASDVLWDLAG YRHSVSVIRG SGAIPLLIEL LRDGSLEFRE RISGAISQLS YNENDREAFS DSGMIPILIE 401: WLGDESEELR DNAAEALINF SEDQEHYARV REAIGHPVFQ SMQSRLARIR ASHELMVRSM RRVTIQHLAH DHDLP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)